Anh chị ơi. Tư vấn giúp em với ạ Bên em là tiêm chủng vaccine sẽ không chịu thuế, vaccine mua vào 5% nhưng từ trước nay kế toán vẫn xuất hoá đơn bán ra là 5% và vẫn khấu trừ thuế đầu vào. Nhờ anh chị giúp em hướng xử lý các hoá đơn đã xuất ra với ạ, từ năm 2022 rồi ạ
Chào bạn, với tình huống của bạn:
1️⃣ Mình chốt bản chất trước
Nếu bên bạn là cung cấp dịch vụ tiêm chủng, tiêm phòng bệnh cho người thì đây là dịch vụ y tế thuộc diện không chịu thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ 01/07/2025. Đồng thời, cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào của phần dùng cho hoạt động không chịu thuế.
2️⃣ Vậy sai ở đâu trong trường hợp bên bạn
Sai ở 2 chỗ:
Xuất hóa đơn bán ra 5% cho dịch vụ lẽ ra không chịu thuế GTGT.
Đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của vaccine, trong khi đầu vào đó phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT nên không được khấu trừ.
3️⃣ Hướng xử lý đúng từ bây giờ
Dừng ngay việc xuất hóa đơn 5% cho dịch vụ tiêm chủng.
Khi xuất hóa đơn mới, phải thể hiện đúng bản chất là không chịu thuế GTGT, không ghi 0% vì 0% và không chịu thuế là 2 trường hợp khác nhau.
Rà soát toàn bộ hóa đơn đã xuất sai từ năm 2022 đến nay, lập danh sách theo từng nhóm: đã kê khai hay chưa, khách lẻ hay khách doanh nghiệp, khách còn liên hệ được hay không, hóa đơn nào đã thu thêm 5% từ khách. Quy định hiện hành về hóa đơn sai sót đang thực hiện theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
4️⃣ Cách sửa các hóa đơn đã xuất sai
Với hóa đơn điện tử đã lập sai thuế suất, bên bán xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung; đồng thời thực hiện thông báo sai sót theo mẫu tương ứng khi thuộc trường hợp phải thông báo với cơ quan thuế.
Thực tế an toàn nhất là:
Lập biên bản hoặc thỏa thuận với khách về việc hóa đơn đã ghi sai thuế suất.
Lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế để đưa phần thuế GTGT 5% về đúng bản chất không chịu thuế GTGT.
Nếu trước đây bên bạn đã thu thêm 5% của khách, nên xử lý hoàn hoặc bù trừ lại phần đó cho khách để hồ sơ được logic và dễ giải trình.
5️⃣ Phần kê khai thuế phải làm song song
Bên bạn phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT của các kỳ đã kê khai sai.
Phần đầu ra: điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu ra đã kê khai nhầm 5%.
Phần đầu vào: điều chỉnh giảm toàn bộ số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ sai tương ứng với hoạt động tiêm chủng không chịu thuế.
Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.
6️⃣ Bạn lưu ý điểm rất quan trọng
Nếu doanh thu bên bạn chỉ là hoạt động tiêm chủng không chịu thuế thì về nguyên tắc đầu vào vaccine dùng cho hoạt động đó không được khấu trừ.
Nếu doanh nghiệp còn có hoạt động khác chịu thuế GTGT nữa thì phải tách riêng đầu vào dùng riêng cho từng hoạt động; trường hợp dùng chung thì cần phân bổ lại thật rõ.
7️⃣ Nên làm theo thứ tự này để đỡ rối
Bước 1: Chốt lại toàn bộ mô hình doanh thu của bên bạn từ 2022 đến nay.
Bước 2: Xuất file danh sách tất cả hóa đơn đầu ra đã ghi 5%.
Bước 3: Xuất file toàn bộ hóa đơn đầu vào vaccine đã khấu trừ.
Bước 4: Phân từng kỳ thuế để tính số đầu ra giảm và số đầu vào phải loại.
Bước 5: Làm hồ sơ điều chỉnh hóa đơn.
Bước 6: Nộp khai bổ sung các kỳ liên quan.
Bước 7: Làm công văn giải trình gọn, nhận sai sót do xác định chưa đúng bản chất dịch vụ và chủ động tự rà soát, tự điều chỉnh trước khi cơ quan thuế thanh tra kiểm tra.
8️⃣ Phần năm 2022 đến trước 01/07/2025
Do bạn đang hỏi kéo dài từ năm 2022, để chốt chính xác tuyệt đối cho toàn bộ giai đoạn này, mình cần xem thêm cách bên bạn đang xuất hóa đơn thực tế là “dịch vụ tiêm chủng trọn gói” hay “tách riêng tiền vaccine và tiền công”, đồng thời cần đối chiếu hồ sơ kê khai từng kỳ.
9️⃣ Kết luận ngắn gọn cho bạn
Bên bạn không nên giữ nguyên hiện trạng.
Cần sửa cả hóa đơn đầu ra đã xuất sai và tờ khai GTGT đã kê khai sai.
Đầu vào vaccine đã khấu trừ cho hoạt động tiêm chủng không chịu thuế thì phải loại khấu trừ.
Càng chủ động rà soát và khai bổ sung sớm thì hồ sơ càng an toàn.
1️⃣0️⃣ Để mình chốt cho sát tình huống của bạn nhất
Bạn gửi mình 3 thông tin này:
Bên bạn xuất hóa đơn hiện nay ghi tên hàng là “dịch vụ tiêm chủng” hay ghi riêng từng loại vaccine.
Bên bạn đang kê khai thuế GTGT theo tháng hay theo quý.